Die positiven Auswirkungen von Kaffee scheinen die negativen zu überwiegen. In einer Studie wird als optimale Menge 3-4 Tassen Kaffee pro Tag angegeben. Thomas Hofmann, Direktor des Instituts für Lebensmittelchemie an der Westfälischen Wilhelms-Universität, sagte: „Die Aussage, dass Kaffee generell schädlich sei, ist heute nicht mehr haltbar. (…) Früher hat man zum Teil negative Wirkungen einzelner Kaffeeinhaltsstoffe auf den Gesamtkomplex Kaffee übertragen“.
Viele der positiven Effekte des Kaffees werden auf die darin enthaltenen Antioxidantien zurückgeführt. Nach einer US-amerikanischen Untersuchung aus dem Jahr 2005 stammt der mit Abstand größte Teil der mit der täglichen Nahrung zugeführten physiologischen Antioxidantien aus dem Genussmittel Kaffee. Dies liege weniger daran, dass Kaffee außergewöhnlich große Mengen an Antioxidantien enthält, als vielmehr an der Tatsache, dass die US-Amerikaner zu wenig Obst und Gemüse zu sich nähmen, dafür aber umso mehr Kaffee konsumierten.
Besonders viele antioxidative Substanzen enthält grüner Kaffee. Dass diese Antioxidantien die Zellen schützen, zeigt eine Studie deutscher Wissenschaftler: Die Forscher fanden heraus, dass der tägliche Genuss von drei bis vier Tassen einer Mischung von grünem und geröstetem Kaffee oxidative DNA-Schäden um 40 Prozent senkt und damit den Zellschutz erhöht. Die Wissenschaftler vermuten, dass dieser Effekt die zahlreichen positiven Wirkungen des Kaffees auf die Gesundheit erklärt.
Neuere Studien lassen zudem einen genetischen Zusammenhang für die Folgen des Kaffeekonsums erkennen. Je nach Genvariante kann es dabei zu einer schnellen oder langsamen Elimination des Alkaloids Koffein kommen, was wiederum Auswirkungen auf ein Infarktrisiko haben kann.
Eine umfassende Darstellung jüngerer Forschungsergebnisse zum Themenkreis Kaffee und Gesundheit wurde in der Monographie Le café et la santé veröffentlicht.
Das Deutsche Grüne Kreuz fasste 2009 die unterschiedlichen Forschungsergebnisse wie folgt zusammen: „Der regelmäßige Genuss von drei, vier oder mehr Tassen Kaffee übt auf zahlreiche Organe und Körperfunktionen einen positiven Einfluss aus. Bei manchen Erkrankungen scheint Kaffee sogar einen deutlichen vorbeugenden oder schützenden Effekt zu haben. Grundsätzlich muss also in den meisten Fällen aus medizinischen Gründen nicht auf Kaffee verzichtet werden. Im Einzelfall sollte man aber noch einmal mit einem Arzt Rücksprache halten. Insbesondere gilt dies für Frauen in der Schwangerschaft.“ Das im Kaffee enthaltene Koffein ist zudem mit einer Verlangsamung des fötalen Wachstums und einem erhöhten Risiko eines geringeren Geburtsgewichts assoziiert.
Koffein wird auch sublingual über die Mundschleimhaut resorbiert (aufgenommen), darum tritt die Koffeinwirkung schneller ein, wenn der Kaffee vor dem Schlucken länger im Mund gelassen wird, dieselbe Wirkung erzielt man auch mit koffeinhaltigem Kaugummi. Bei der Aufnahme ins Blut über den restlichen Verdauungstrakt passiert das Blut zuerst die Leber, die einen Teil sogleich wieder herausfiltert (First-Pass-Effekt).